其一，制度體系不完善。面向中長期的國家層面生物經濟發展戰略頂層設計亟待出臺，強有力、跨部門的專項行動策劃、組織和實施不適應生物經濟時代復雜多變的形勢，穩定、長期、高效的法律和政策保障環境仍待完善。

其二，科技創新儲備不堅實。與信息經濟時代的情景類似，我國生命科學、生物技術發展水平與發達國家相比仍有較大差距，生物產業開拓性、顛覆性的創新成果與生物經濟強國愿景不匹配，產業鏈供應鏈“卡脖子”問題比較突出。

其三，生物資源保護、開發利用體系不健全。當前，我國大量具有中國特色的生物資源、樣本和數據還沒有被充分挖掘和保護，在建或已建的科技基礎設施尚未形成統一管理、數據互通的資源數據共享體系，特有的生物資源和數據優勢尚未充分發揮。

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